اهداف این معاونت ارتقا ، گسترش وتوسعه فعالیت های پژوهشی دانشگاه می باشد.
معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد در راستای رسالت این دانشگاه که همانا تأمین و ارتقا سلامت برای آحاد مردم استان چهارمحال و بختیاری است. با اقدامات زیر دانشگاه را در جهت ماموریت خویش یاری می نماید.

۱- تولید دانش وارائه آن
۲- اطلاع رسانی
۳- توانمند سازی پژوهشگران در انجام امور تحقیقاتی
۴- تأمین منابع علمی
۵- فراهم آوردن شرایط وامکانات لازم به منظور تسهیل انجام پژوهش
۶- تشویق به انجام تحقیقات تیمی وچند مرکزی